故事讲述自从魔法作为技术被运用，大约过了一个世纪。2095年4月，司波达也与司波深雪进入了培养魔法师的国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高校”，作为魔法师，达也却有着致命缺陷，因此被认为是劣等生，而深雪是优等生，被誉为完美无缺的魔法师。 有时他们两人会被误认为是恋人，两人关系很好，但在几年前，两人的关系就像女主人和佣人一样冷淡，在那个关系变了的背景下，发生了某件事。故事发生在三年前的冲绳。对于深雪来说，由于无法忘记的事情，两个人的心和命运发生了很大的变化...