本作是以《攻壳机动队 SAC_2045》第一季为基础加入全新画面与后重新制作的剧场版作品。故事讲述2045年，全世界在陷入全球同时违约的经济灾难后，开始进入了永不结束的可持续战争之中，然而，过度发展的人工智能却在近未来导致人类濒临灭绝。为了防堵突然从网络社会中诞生的后人类犯罪，日本总理下令秘密重组公安9课，让全身都是由义体组成的草薙元子率领众人前往在先前大战中变成废墟的东京，而在那等待着他们的是自称N的难民集团以及突如其来的美国特殊部队。随着被夺走的原子力潜水舰即将引发核战，公安9课、后人类、美国三方的交锋也越演越烈...