第1集：讲述了自远古时代开始，人死后的灵魂就会被“过去神”邦特拉封在“书”中，收藏在地下的邦特拉图书馆。神离开人类后，管理图书馆和挖掘“书”的工作落在了武装司书身上。不少罪犯也会因个人目的搜集、私藏及滥用“书”，其中神溺教团为了他们的教义，无视别人的生命，夺取他人的“书”，并不断与武装司书展开对抗。

第2集：“杀死哈缪丝·梅瑟芬。”被夺走记忆，身上被装上爆弹，派遣作为杀害武装司书哈缪丝的少年。在苏醒后唯一的记忆就是这恐怖的一句话。少年克里欧·东尼斯和自己同为爆弹的同伴走在矿场中伺机暗杀战斗司书，站半路遇到走私的书的人，一行三人在矿产中休息，而一名战斗司书发现了他们。

第3集：神溺教团的指导者希葛尔·克鲁凯撒试图阻止哈缪丝·梅瑟芬前往矿山解决问题，而时间回到了三百年前，丝柔·布亚克尼休后来因预视在未来奋战的克里欧而能力觉醒，并恋上克里欧。

第4集：丝柔后来被怀扎夫以丰裕的生活迷惑，制造及囤积“龙骸咳”疫苗以牟取暴利。最后因为后悔，而斩杀怀扎夫，并接受审讯，被公开处死。而哈缪丝则将克里欧身体中的爆弹取了出来，对克里欧说“你已经是人类了。”

第5集：白烟事件结束以后，由于沃尔肯的背叛，令图书馆的战斗司书陷入一种尴尬的境地，其中与沃尔肯，米蕾波可收到的影响，动摇的甚至平素一丝不苟的她，居然连衣服都穿反了，迷茫的米蕾波可前往了图书馆，试图通过阶层守护兽的看守阅读沃尔肯的过往的记忆。

第6集：代理馆长暂时不在图书馆，一个自称“怪物”的可疑人物前来图书馆挑衅，当场击杀了前台的服务人员，让服务人员整个头化为乌有倒在地上冒着黑烟，造成了巨大的恐慌，马特等战斗司书与这个强大的可疑人物进行交锋，明显处于劣势。

第7集：恩里克·毕斯海尔，自称为怪物的男子回想起自己的过往，一个违抗公理而不断专研魔术审议的生活，操控着雷霆可以分割大海，可以杀人利索，而被人称为杀人的天才，然而怪物这个男子则希望自己变得更强。

第8集：扎托打败了前来阻止他的明斯·伽扎因，再次穿上了巨大的黑色披风和恐怖的金色怪物面具，洛萝缇·玛尔伽和明斯两人却发现扎托是一个可以通过吃死者的书获得能力的男人，恐怖的能力让二人只能左支右绌。

第9集：扎托最后加入了图书馆成为战斗司书，与对自己不信任的战斗司书进行交战，被确认单论战斗力堪比一级战斗司书。夜间刚邦杰尔暗中用灵魂再次诱惑扎托堕落为怪物，为了避免伤害洛萝缇而让自己陷入被孤立的状况。

第10集：神溺教团通过了魔法权利，控制了莫卡尼亚，伪装成莫卡尼亚的母亲潜入了夺走了一本书，最后图书馆的战斗司书发现了这件事情，导致一众战斗司书赶到棘手，基本上判断莫卡尼亚失去了个人判断的能力，准备对其进行行动。

第11集：莫卡尼亚为了保护自己虚假的母亲和拥有操纵时间的魔法权利的伊蕾伊雅老太太交战，莫卡尼亚的无尽蚂蚁唯一对其有克制的便是操纵时间，莫卡尼亚的无尽蚂蚁在不断的化为飞灰，而老太太的体力则是一点点的消失。

第12集：哈缪丝因为某些原因于世界各地流浪，最后于图书馆岛的缝纫店工作。在酒吧与马特阿拉斯特相遇，并以此为契机加入了武装司书。而马特和哈缪丝则被当代的馆长代理派遣到战场上，哈缪丝一人奔赴战场核心，马特只能一人紧随其后。

第13集：阿尔梅·诺顿恋慕于希葛尔的女性战士，皮肤黝黑，头发是铁锈般的红色，身穿男性礼服。性格残酷，讨厌别人的怜悯。用触觉丝监视马特和米蕾波特。

第14集：该集为总集篇，简述了第一集到第十三集的所有剧情和要点。

第15集：帕妮·帕鲁曼达极受欢迎的已故女演员。本名莉莎·帕妮丝。因为失去自信而自暴自弃，为了可以一直演艺下去，不断杀害和伤害其他人，被神溺教团放弃后被佛特纳杀害。

第16集：明斯被哈缪丝指派了任务带领哈洛姆兄弟这贵族出身的武装司书进行任务，来到一座城市，在一个叫做格雷音的男人家中居住下来，然而却发现最后任务的目标居然正式格雷音。

第17集：扎托和伪装成莫卡尼亚的妈妈的女人，蕾娜丝进行交流，激活了她的真实人格，确认她是肉块的存在。而沃肯则突然之间又开始背叛战斗司书，米蕾波可则再次协助了他，然而哈缪丝早已下达了追捕背叛者的命令。

第18集：为了阻止沃肯，毕扎克惜败于沃肯，然而却被神溺教团的成员发现。哈缪丝亲自上阵追杀沃肯一行二人，则让哈缪丝想起了过去处理的神溺教团的真人——堇之罪人。凡德·鲁加（ベンド·ルガー）神溺教团制造的兵器，拥有铅制身体的人偶。改变了奥莉薇亚的一生。

第19集：沃肯和奥莉薇亚两人陷入了肉块的包围当中，哈缪丝开着的战斗机也在他们附近的机场着陆，前往追杀两个通缉者。沃肯和奥莉薇亚二人分开，奥莉薇亚一人陷入了过去的回忆，而沃肯则和哈缪丝展开了对决。

第20集：神溺教团麾下自己的世俗军队前往图书馆发动了猛烈地攻击，哈缪丝和马特两人商量对策。扎托则拿着洛罗缇的书读取她的记忆，关于这个少女的成长，经历，成为战斗司书的以前内容。

第21集：哈缪丝下达了命令，对神溺教团骗来的军队发动攻击，并将馆长的信物托付给了米蕾波可，洛罗缇在另一方面照顾着神溺教团的孩子，却被伊蕾伊雅老太太教训着，狠狠地砸在了墙上希望让她清醒。

第22集：各国的军队不断袭击过来，而战斗司书则依然在勇敢地迎战，不断地击沉战舰和战机，同样在等同胜利下的代价，大量的战斗司书失去了战斗力，然而却让哈缪丝越发的狂战，敌人越多哈缪丝就越强。

第23集：战争结束了，这次战斗的损失在预期之内，让所有战斗司书都敢打欣慰不已。哈缪丝回忆起过去令自己不愉快的记忆。迦克莉·可可多因带领拟人们及凡德=鲁加对抗神溺教团而被杀...

第24集：哈缪丝等人俘虏了神溺教团的真人——迦克莉·可可多，哈缪丝打断了明斯对迦克莉使用魔法权利“圣洁眼”，避免了明斯被控制的结局，由哈缪丝本人读取了迦克莉的书，了解了迦克莉人生最后一段的内容。

第25集：时间回溯到了过去，路路塔·库赞库纳，在那段未成为图书馆的馆长的故事，名为妮纽的歌人族少女，用特有的歌声治愈露露塔。回忆结束了，哈缪丝模仿妮纽的歌声挑衅露露塔，二人开始了巅峰的对决，然而路路塔却轻而易举的将哈缪丝杀害。然而路路塔用可怕的能力，吞噬着世界的书。然而当初，路路塔打败了终章之兽的核心，原来是自己忘记的爱人——被人陷害的妮纽。

第26集：路路塔在击败了哈缪丝后，前去寻找妮纽。然而哈缪丝这个早已将痛苦化为快乐，死亡化为快乐的怪物却是路路塔怎么样也杀不了的怪物。路路塔却一下子用魔法权利让渡把自己的力量全部转让给了妮纽，身为毁灭之魂的妮纽开始对哈缪丝进行绝对的压制，哈缪丝陷入了苦战。

第27集：在克里欧的劝诱下，路路塔开始选择了救赎，而哈缪丝则使用自己真正的能力，召唤了战死的战斗司书。战斗司书对决终章之兽。在现实世界一边，存活的战斗司书在米蕾波可的带领下，准备组织路路塔的暴行。哈缪丝召唤无数战死的战斗司书，最终路路塔将刀插入了妮纽的胸口。一切都结束，战斗司书的故事就此完结。