剧场版《魔法的禁书目录：恩底弥翁的奇迹》是《魔法的禁书目录》系列动画的第一部电影动画，译名《魔法禁书目录剧场版-恩底弥翁的奇迹》。该剧场版是由原作者镰池和马担当故事原案和构成的完全新作，讲述在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护艾丽莎相遇，然而艾丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。