第1集：在“超高校级绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入濒临崩坏的绝境。为了对抗超高校级的绝望们，以希望之峰学园的毕业生为中心构成了“未来机关”，其中包括打倒了江之岛盾子的苗木诚等人。苗木被问以庇护绝望残党的叛逆之罪，未来机关的人因苗木的处分聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。

第2集：集合了各领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的私立学园“希望之峰学园”。这所学园有集中了超高校级才能的“本科”，以及只要支付高额学费就可以进入的“预备学科”。雪染千纱担任本科77期学生的副班主任，而她所带出的学生正是引发“人类史上最大最恶的绝望事件”的元凶……

第3集：雪染千纱成为第一名牺牲者，未来机关众人的手臂被戴上了黑色的手环，过了手环显示的时限就会被注射催眠药。不止如此，他们之中还有为杀掉未来机关而来的“袭击者”，只有找出叛徒才能生存下去。就在大家乱成一团的时候，万代大作因触发了犯规行动被注射毒药致死，成了众人内讧的导火索。

第4集：希望之峰学园面临重大改变，靠大量学费聚集而来的预备学科，其中的钱财去向不明，雪染的任务是帮宗芳京助调查此事。“超高校级的游戏玩家”七海千秋在雪染的鼓励下，用游戏和大家成为了朋友。预备学科的学生日向创一直憧憬着希望之峰学园，而他似乎准备接受某项计划……

第5集：朝日奈、苗木、格雷特、月光原四人共处一室，第一轮催眠药效过后，众人醒来发现朝日奈胸口插着一把假刀，而格雷特惨遭杀害。为了将此事告知大家，他们前往广播室，途中三人分享了彼此的犯规动作。苗木进行广播演讲，宣称新世界程序能治愈绝望者，自己则放弃这场厮杀。

第6集：“超高校级的黑道”九头龙冬彦的妹妹，九头龙莱摘转入预备学科，她与日向创搭话，坦诚说出自己要去本科的心愿，并打算挤掉“超高校级的摄影师”小泉真昼。同在预备学科的真昼的闺蜜佐藤听闻后，与莱摘大吵起来，莱摘以性命威胁佐藤，却反而引起了佐藤的杀意。随后，莱摘被人杀害，学校人人自危。日向创决定进行某个改造，人工的才能和人工的希望。

第7集：苗木被宗方绑架，宗方的目的是为了引出苗木的帮手和幕后BOSS。逆藏遇上月光原、朝日奈、御手洗和天愿会长，双方大打出手，会长的体术秒杀逆藏。随后，会长带着月光原和朝日奈营救苗木，会长本想与宗方同归于尽，却白白牺牲。而另一边，由于私人恩怨，狂化的忌村追击着安藤和十六夜。

第8集：一年一次的本科实技考试在明天进行，由于学生死亡事件，大家对这次考试的态度都很消极。“超高校级的幸运”狛枝凪斗向雪染提出将考试延期，但雪染对此也没有办法，于是狛枝计划自己采取行动中止考试。由于狛枝的行动，“超高校级的糕点师” 安藤流流歌、“超高校级的铁匠” 十六夜惣之助和“超高校级的药剂师”三人被卷入其中……

第9集：安藤流流歌、十六夜惣之助、忌村静子三人青梅竹马，由于静子无法吃甜点，流流歌最擅长的事物无法得到朋友的认同，而静子为了弥补这点，答应了流流歌所有的任性请求，原本是闺蜜的两人开始出现裂痕，如今变成了彼此厮杀的状况。而另一边，宗方将会长认定为绝望的残党，会长的临终遗言究竟是？

第10集：作为考试风波的处分，雪染被派到预备学科当老师，半年后她在预备学科的生活结束，再次回到本科77班。同学们为她举办欢迎会，这半年在七海的努力下，大家相处得很融洽。“超高校级的欺诈师”上线，他与“超高校级的动画师”御手洗亮太有何关系？新生入学，江之岛盾子和战刃骸这对绝望姐妹出现，希望之峰学园将坠入绝望。

第11集：雾切、御手洗、黄樱发现新的牺牲者，静子和十六夜，两人均是被胸口一刀刺过。袭击者一次只能杀死一人，所以此举肯定有未来机关的人员参与。躲在一旁的流流歌请求与雾切等人组队，并提议立马离开。在月光原的帮助下，苗木和十神取得联系。塔和最中取代月光原参加了杀戮游戏，而未来机关的军队准备突袭贾巴沃克岛，绝望残党所在的岛屿。

第12集：自从上次与日向分别后，七海再没有见过他。某位评议委员失踪了，雪染偷偷潜入评议委员的房间，在电脑中发现了人工育成“超高校级的希望”的计划。而另一边，这位评议委员被盾子处刑，随后盾子和骸闯入基地，见到了被改造的日向创，如今的“人工希望”神座出流。盾子蛊惑神座，称只有绝望才能拯救他。

第13集：由于人类史上最大最恶的绝望事件，苗木诚的妹妹苗木困和家人失散，如今她在塔和市与腐川冬子一起战斗，对抗江之岛盾子的继承人塔和最中。两人闯入大本营，没想到最中竟然主动投降，还炸毁了大本营。最中称自己只是想在苗木诚身边观察他而已，还说苗木会害死之前的同伴……

第14集：“超高校级的动画师”御手洗与绝望姐妹相遇，御手洗在动画中展现的洗脑技术让盾子有了绝妙的点子。距离狛枝停学过去了一年，此时的狛枝遭遇空难，却在沙漠里找到了罕见的绿洲温泉。当天深夜，绝望姐妹带着神座闯入学生会，逼迫学生会成员互相残杀，希望之峰学园最大最恶事件由此开始。

第15集：苗木、朝日奈、“月光原”与宗方狭路相逢，宗方二话不说拿起日本刀斩向众人。“月光原”进入狂暴模式与宗方展开对战，苗木和朝日奈趁机逃走。而另一边，雾切、御手洗、黄樱与流流歌、逆藏在十六夜被杀害的房间共处，雾切调查后终于得知了十六夜的死因，而杀害他的人正是流流歌，流流歌究竟隐藏着什么秘密？

第16集：学校用高额学费进行人体试验的事曝光，预备学科发生暴乱。御手洗在电脑中发现学生会的厮杀视频，视频的制作者正是盾子。罪木沦为盾子的部下，盾子用同班同学的性命威胁御手洗协助制作互相厮杀的视频。罪木和御手洗都失踪了，大家寻找他们，回归的狛枝和七海发现盾子的秘密基地。混沌吞噬秩序的绝望，以绝望为垫脚石的希望，坏掉的究竟是哪一方？

第17集：逆藏打开所谓的“出口”，却发现整个基地沉没在海里，根本出不去。雾切和御手洗两人离开，雾切一早就察觉他们被带到了其他基地，而参与基地建设的副会长宗方不可能不知情。另一边，黑化的宗方破坏机器人月光原，并杀死了好友逆藏。苗木、朝日奈与雾切、御手洗会合，第四次时限结束后，雾切中毒身亡，她的犯规行动竟然是……

第18集：狛枝被神座一枪打昏，七海一眼就认出神座是日向，但神座早已没有作为日向时的记忆。雪染老师营救学生，被绝望姐妹囚禁，被迫观看学生会自相残杀的视频。七海扶着狛枝找到大家，随后罪木也带着佩子出现，众人决定前去救出雪染。基地内，七海被黑化的罪木推入暗门中，与逃脱的雪染相遇。

第19集：雾切的犯规行动是苗木活着迎来第四次时限，看着倒地的雾切，苗木下定了阻止宗方的决心。苗木前往宗方所说的地点，向往希望却怀抱不同信念的两人对峙，宗方一言不合就朝苗木袭去。苗木将宗方引至房间，宗方的犯规行动是开门，因此他无法杀死苗木。苗木用嘴炮唤醒了宗方心底的真善美，幕后黑手渐渐浮出水面……

第20集：盾子击败逆藏，以“你那禁断之恋的对象是宗方”要挟逆藏，要他对宗方撒谎说盾子不是绝望的黑幕。七海在雪染的带领下寻找出口，雪染已被绝望控制，她将七海推入学级裁判的密室，等着七海的是盾子为她准备的“死亡游戏”，而这场游戏的观众就是她最重视的同班同学。

第21集：袭击者的谜题真相大白，而这些袭击者就是被害人自己，大家都是自杀死亡的。通过雾切的推理，苗木发现死者所处的地方都有显示器。时限再次来临，苗木以身犯险，独自呆在有显示器的房间，终于破解了自杀之谜，一切都是绝望影片引起的，种种证据指向天愿会长。逆藏拉下控电室的闸门，绝望的把戏终于结束。

第22集：逆藏对宗方谎称江之岛盾子是清白的，但宗方仍对盾子表示怀疑，雪染也坚持盾子与绝望事件无关，宗方这才放下了戒备。在盾子的策划下，希望之峰学园走到了尽头，77期的学生们为了扩散绝望而展开行动。苗木等二年级生被保护在老校区，绝望姐妹潜入其中，苗木的存在将成为盾子最大的威胁。未知的小岛上，日向和七海等人的故事还在继续……

第23集：御手洗收到天愿会长的定时消息，视频中天愿会长承认厮杀是他策划的。御手洗坦白自己曾帮盾子制作绝望视频，如今他决定将希望视频向全世界播放，将绝望从人们的心里彻底抹去。然而这个办法只是将人们洗脑而已，苗木不同意御手洗的做法，但御手洗心意已决。就在苗木要被洗脑者杀害的时候，宗方出现了。

第24集：御手洗开启希望视频全世界播放模式，倒计时就剩十几分钟了。就在此时，恢复神智的日向出现，劝说御手洗回头是岸。御手洗一直为自己做出绝望视频而自责，责怪自己不够坚强，这也是他赎罪的唯一方式。77期学生全员到场，在大家的感化下，御手洗重回77班。雾切从假死状态中苏醒，苗木成了新一代的希望之峰学园学园长。