第1集：明治十一年，东京下町。“神谷活心流”师范代的神谷薰，欺骗那个流派的名字的街头斩追赶着“刽子手拔刀斋”。有一天晚上，薰遇到了一个拿着刀走路的男人。马上追问男人，简直没有战斗的样子。“这就是那个刽子手拔刀斋？”薰惊讶的样子，男人自称是“流浪人”绯村剑心。

第2集：从欺骗神谷活心流的名字的街头斩骚动的解决开始一周。虽然神谷道场的污名已散，但薰的门生并没有增加的迹象。就在这时，路过的少年明神弥彦偷了剑心的钱包。剑心把钱包交给被偷走的自己不好的人。弥彦反对对孩子的施舍，但他有收集金钱的理由。

第3集：弥彦被剑心打动，决心从小偷那里洗脚。拒绝向关东集英组上缴而抵抗也被群殴，穷途末路。剑心进入助太刀，把事情收起来。弥彦后悔自己没能解决，希望自己变强。看到这一幕的剑心，带弥彦去了神谷道场。

第4集：在剑心、薰、弥彦拜访的牛肉火锅店“赤贝子”，喝醉了的自由民权运动的壮士们使议论白热化，扔了的铫子碰上剑心引起骚动。正好在店里的男子相乐左之助，看不下去站起来，用一枪打飞了民权壮士。左之助看穿了剑心的实力，表现出了兴趣。“你不买我打架吗？”

第5集：与轻松挥舞着巨大刀剑、斩马刀的左之助对决的剑心。剑心对以一击无法企及的异常打击强度而自豪的左之助，打进了连击。倒在地上的左之助。看来胜败已成定局。但是左之助在意识朦胧中，想起了对胜利执着的十年前赤报队的过去。

第6集：警察署长把委托带到剑心的身边。据说希望打倒瞄准原·维新志士反复斩杀的杀人鬼『黑笠』。剑心和左之助护卫在斩奸状中收到杀害预告的谷十三郎。上午一点，在预告的时刻出现的黑笠。其原形是从幕末时期开始以暗杀职业而闻名的流浪刽子手鹈堂刃卫。

第7集：刃卫知道了剑心在刽子手拔刀斋时期的强大，将薰作为人质煽动剑心的愤怒。展开壮烈战斗的两个人。但是刃卫认为剑心还没有恢复以前的力量，对薰施加了二阶堂平法“心之一方”，封锁了呼吸。离薰窒息死亡还有两分钟——剑心的愤怒达到了顶点。

第8集：左之助的朋友因过量摄取鸦片而丧命。但是鸦片是被禁止的毒品，而且买也很贵，是普通人买不到的东西。在疑惑着为什么的剑心和左之助面前，神秘的女人高荷惠出现了。击退想要抓住惠的武田观柳的私兵的剑心们。但是惠拿着鸦片……。

第9集：御庭番众之一的火男袭击了藏匿惠的神谷道场。用口吐火的必杀『火焰吐息』攻击剑心和左之助。对强有力的中位隐密的登场预料剑心们的败北的惠，打算从那个场合逃跑。薰挽留着那样的惠。“我是为了你而战斗的”这样说着，说要相信剑心的强大。

第10集：御庭番众的追捕者一周多没有出现，惠也开始与神谷道场的一行熟悉起来。但是只有左之助，不能理解让朋友死了的鸦片的制作者是惠的事实而焦躁着。有一天，惠突然不在了。虽然信上写着按照自己的意思离开的意思，但剑心等人不自然地走向了瞄准惠的武田观柳邸。

第11集：在观柳邸为了夺回惠而奔走的剑心、左之助、弥彦。阻挡在他们面前的是御庭番众的密探方般若。作为拳击家的实力和用『伸臂之术』玩弄剑心，不过，在战斗中暴露了术的秘密的剑心漂亮地攻略给大家看。被认为有胜负的时候，般若卸下自己的面具，露出惊愕的素颜。

第12集：剑心终于与御庭番众的头目·四乃森苍紫对峙。幕府末期，因无血开城而没能战斗就结束了任务，失去了存在意义的异形战斗狂们=御庭番众。苍紫怀着遗憾，一心追求最强称号。作为曾经的维新志士，不能原谅没有大义之争的剑心。幕府末期以杀人为生的两人，赌上自尊心展开了激战。

第13集：观柳为了杀死剑心，瞄准了手下的御庭番众，用加特林枪下起了子弹之雨。在那次暴行之前，御庭番众运用各自的能力对抗加特林枪。在这一刻，他们和剑心的目的融为一体。剑心和御庭番众联手，挑战拥有压倒性力量的近代兵器。

第14集：神谷道场唯一的门生弥彦，有时会摆脱练习。虽然本人说“只是散步”，但他认真地致力于剑术的修炼，不认为是偷懒。在意的剑心、薰、左之助决定跟踪并追究理由。弥彦真正的目的到底是什么？

第15集：薰和剑心、弥彦来到前川道场排练。薰的练习也受到了其他流派的门生的好评，道场充满了活力。一个叫石动雷十太的剑豪闯入那里。他说他很担心剑术的前途，只持认真态度的那个男人，看不起他用竹刀比赛是不像话的。为了不让他打破道场，师范的前川和雷十太做了对手……。

第16集：想重振作为杀人剑的剑术的雷十太，把否定那个的剑心视为敌人。虽然开始了认真的比赛，但由于剑心的一击折断了雷十太的刀，当场就结束了。第二天，自称是雷十太弟子的少年由太郎来到了神谷道场。据说是为了向水火不容的弥彦挑战胜负，由太郎拿竹刀的方法太荒唐了……。

第17集：接受了雷十太的剑的由太郎，右臂受了重伤，剑再也不能挥动了。一直和由太郎吵架的弥彦，比谁都知道他对剑术的想法。弥彦牵着由太郎的手，为了见证剑心和雷十太的决斗而离开了诊疗室。在夜晚的林间道路上，愤怒的剑心和雷十太的对决开始了。

第18集：左之助被经常吃的牛肉火锅店“赤贝子”的妙委托购买锦绘，前往绘草纸店。虽然他对画纸本身不感兴趣，但在店里他发现了一幅画。那是赤报队时代被尊为师的相乐队长画的画。左之助改变了眼睛的颜色，去见画了那幅画的画家。

第19集：津南十年来一直在为赤报队报仇雪恨。 左之助赞同这一想法，与向内务省发动攻击的津南共同行动。 但是，建筑物中有一颗为了阻止它而等待的剑心。 津南对和赤报队时一样阻挡在外的原维新志士，燃起了斗志。 炸弹的攻击袭击剑心。

第20集：喝着茶度过团圆时光的剑心们。 剑心被催促说是不是一个有趣的旅行故事。 总结大家的希望，“难得、快乐、惩治坏人的故事”。 这样说的剑心决定说的是，作为外国人的慰留地，在热闹的横滨的邂逅。 这是一个叫埃尔德的，经常戴着面具的外国医生的故事。

第21集：切断刽子手的过去，祈求和平世界的剑心，与即使被人用奇怪的眼光看也希望健康世界的医生埃尔德的想法产生了共鸣。 那个时候，医生石津泥庵觉得无报酬治疗的埃尔德妨碍了生意，所以雇佣了西洋剑术的使者埃斯皮拉。 泥庵委托他处理埃尔德，但埃斯皮拉有与委托不同的目的——。

第22集：剑心梦见了曾经作为维新志士敌对的新撰组。 作为刽子手拔刀斋的他是一群熟练到无法决出胜负的人——新撰组。 剑心纳闷，为什么现在会想起这样的事。 就在这个时候，剑心熏弥彦不在家的时候，一个男人来到了神谷道场。 有着特色眼睛的那个男人，偶然在场的左之助，自称是卖药藤田五郎……

第23集：压制了与赤末有人的战斗的剑心，在神谷道场与斋藤一重逢。 作为警察藤田五郎来拜访的一件事，熏他们毫无戒备地邀请了。 谴责剑心们的软弱的一句话。 在剑心退出刽子手的10年间，作为杀手磨练了杀意和本领的一刀，露出了獠牙。